1、菌种分离。菌种的分离、纯化和培养难度很大，也十分关键。用土生菌进行组织分离，再培养纯化出优良的原种，经人工纯化后再扩大培养，培养出供大量培植的菌种。
2、培植菌种。通常马铃薯、葡萄糖、琼脂、蛋白胨、无机盐等来制作虫草花培养基。大量培植会使用大米、小麦、玉米以及豆类、蛋奶类等按配方比例来制作培养基，分装到容器（瓶子）中后需要进行灭菌。
3、菌种接种。制作好培养基后，下一步将菌种接种到培养基上。这一过程要在无菌的条件下操作，否则可能污染菌种和培养基，带进杂菌。
4、培训菌种。接种后移入培养室内，上架进行培养。菌丝适合生长温度为15-25℃，子座适合生长温度为18-22℃。培养室需要保持一定的温度、湿度和空气洁净。经过2-3个月的培植，长出的子座慢慢变成桔红色或桔黄色棒状时，就可以收成。